"Флаг представляет собой прямоугольное голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры герба: вдоль нижнего края зеленую полосу в 3/10, над ней посередине полотнища - медведя с топором, а вплотную к древку - сруб в три бревна, воспроизведенные желтым, черным и белым цветом".

Флаг разработан на основе герба района, который языком символов и аллегорий отражает природные и культурные особенности района.

В основе топонима "Балтаси" (тат. "Балтач") присутствует легендарное имя одного из основателей села. Слово "балтач" производно от татарского "балта" - топор (балтачы, балта остасы - человек, владеющий топором; мастер-плотник).

Главной фигурой флага является медведь, держащий в лапах топор. Медведь - традиционный символ мощи, силы, уверенности, хозяин леса. Медведь не только аллегория рачительного хозяина, но и мастера (плотника), строителя. Медведь возводит дом, что подчеркивает широко известные традиции и искусность балтасинских мастеров по дереву.

Традиционный геральдический приём - "вооружение" - изображение когтей, зубов и языка одним цветом с самой фигурой медведя, подчёркивает мирные намерения жителей. Цвет топора - белый (серебро) - символизирует чистоту, совершенство, мир и взаимопонимание.

Природная тематика указывает на одно из главных богатств района - лес. Поэтому медведь, как хозяин леса, является и аллегорией защиты, бережного отношения населения района к своей природе.

Большое значение природных ресурсов в жизни района подчеркнуто цветовой гаммой флага: зелёный цвет - символ природы, здоровья, молодости и жизненных сил; голубой цвет - символ чести, благородства, духовности, олицетворяет природные памятники - реку Шошму и гордость района - озеро Кара-Куль; желтый (золото) - символ урожая, богатства, стабильности, интеллекта, уважения.

Авторская группа: разработка флага произведена Геральдическим советом при Президенте Республики Татарстан совместно с Союзом геральдистов России в составе: Рамиль Хайрутдинов (Казань), Радик Салихов (Казань), Ильнур Миннуллин (Казань), Константин Мочёнов (Химки), Кирилл Переходенко (Конаково), Оксана Афанасьева (Москва). 

Утвержден решением Совета Балтасинского муниципального района от 21 декабря 2006 года №56. Внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под №2884. Внесен в Государственный геральдический реестр Республики Татарстан под №85.