Здравствуйте, Наталия Борисовна! Да сложностей в работе очень много, а опыта - мало.Для того, чтобы упорядочить работу , базовая школа должна взять наиболее важные направления в "свои руки".Например, составление учебного плана, оставив возможность филиалам включать свои элективные и факультативные курсы.Так филиал может сохранить самобытность.И так во многих других вопросах . Такой подход повышает эффективность внутришкольного контроля. Однако, с другой стороны существует опасность того, что педагоги в филиалах "расслабляются",  теряя авторитет у родителей и учеников.К счастью, чаще качество работы в филиалах повышается.