Наталья Алексеевна, рада, что вы познакомились с документами, регламентирующими вашу оплату труда, а в свой трудовой договор заглянули? там все соответствует ?

вот все вопросы после знакомства с документами и надо задать вашей администрации в письменном виде, обязаны ответить.

Что касается 25% надбавки-то что она идет отдельной строкой ,это верно, как еще показать оплату именно этого повышающего коэффициента. Как вы понимаете оклад?это вся зарплата? нет, это именно ваша ставка за часы,хотя я могу ошибаться ,нужно вам проконсультироваться в вашей бухгалтерии, также направьте туда письменный вопрос, пусть приведут нормативные документы, изходя из которых они вам начисляют именно так , а не иначе.